对>50px的肾结石，或者不合适输尿管软镜治疗的肾结石，或者梗阻时间很长、造成重度肾积水的输尿管上段结石，则需行经皮肾镜取石术。该技术需要在腰部穿刺一个小洞进入肾内，置入器械，采用气压弹道、超声或激光将结石击碎并清除出体外，虽然创伤比输尿管软镜手术略大，但与传统开放手术相比，也是一种微创的手术方法。缺点就是肾穿刺有0.5-3%的大出血风险，术后住院时间较长，需要1周左右。